Iselin Silja Kaspersen forsker innenfor temaene identitetsforståelse, moralske dilemmaer, kjønn og bruk av makt og tvang. Hun har særlig interesse knyttet til hvordan institusjonelle rammer former individers forståelse av seg selv, spesielt for ansatte i Forsvaret og barn og unge i møtet med helsevesenet. Iselin jobber oftest ut fra et utforskende forskningsdesign, og benytter seg både av kvalitative og kvantitative metoder.